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OGT關注針對小型NGS癌症產品，計劃推出基於陣列的ce-ivdNIPT
上周，位於英國的Oxfordshire分子遺傳學公司退出了一款卵巢癌產品和一個試劑盒，公司的研究和開發副總裁John Anson表示，這將是一係列基於NGS的產品的第一種。
“這將會進入一個更具有針對性和特定疾病的領域，”Anson在采訪中這樣表示。
去年，公司推出了一款針對60個實體瘤基因的麵板，這款產品是與南安普頓大學，伯明翰大學以及英國分層衛生保健計劃的一部分CIS醫學聯合開發的。雖然這個產品包含了範圍廣泛的實體瘤相關基因，但是Anson表示，現在公司將關注更小範圍，更特異的產品。
例如，卵巢癌的產品獎僅僅靶向7個基因-BRCA1，BRCA2，TP53，PTEN，ATM，ATR和NF1。公司計劃研究針對不同實體瘤及血液癌症的靶向產品，並且已經提供了一個25基因的骨髓產品。然而，在未來，Anson說，公司還將研發針對特定血液疾病的更小的產品。
他表示，公司現在將NGS產品定位在為轉化研究客戶，像醫院和學術機構的大型癌症研究所，這些機構會使用這些產品來確定預後標記，這些標記能夠告知藥物反應和新的藥物靶標。
“我們想將研究與新的潛在療法聯係在一起，”他說。
Anson補充說，該公司還將於客戶合作，設計一些癌症產品，以確保包括相關基因。
NGS癌症產品市場競爭尤為激烈。主要的NGS公司-Illumina和Thermo Fisher Scientific-占有大部分癌症產品市場，安捷倫和RainDance Technologies也做樣品處理，並且許多學術研究機構也自己研發相關產品。
盡管如此，Anson表示，OGT擅長於誘餌設計，這將幫助與對手競爭。“我們做誘餌設計有經驗化優勢，”他說。“而不僅僅是依賴於不公可用的軟件。”此外，該公司還是用自己的軟件在後台進行分析。
雖然OGT是一家以芯片而出名的公司，但是其現在已經運行了超過6000分NGS樣品。
OGT研發部主任GrahamSpeight表示，公司也將通過整個靶向區域提供其維持機製的產品，甚至包括整個覆蓋區域，這對於某些體細胞的突變十分重要，因為在卵巢癌的產品中，小等位基因的頻率可以低於1%。此外，對於一些腫瘤抑製基因，例如在卵巢癌的產品中，覆蓋整個基因是至關重要的，因為通過整個基因的檢測，可以發現突變基因，雖然突變往往是集中在突變熱點區域的。“你需要覆蓋每個外顯子的堿基，這樣才能得到你需要的靈敏性，”他說。
此外，Anson說，OGT也將提供配套產品。去年，其收購了位於倫敦的基於熒光原位雜交的Cytocell公司。Anson表示，Cytocell熒光原位雜交產品以及OGT的獨有的細胞遺傳學產品是一個良好的補充。“使用該技術來看拷貝數變異和用於SNVs的NGS之間具有一個良好的交叉作用，”Anson說。
雖然該公司最初關注的是臨床和轉化研究市場，但是其所有的NGS產品僅僅用於研究市場，Anson表示公司現在講著眼臨床市場。
“如果這些檢測被發現對於診斷室重要的，我們將準備走管理路線，”Anson說。“我們已經使用我們的FISH產品完成了一些，並且我們正在努力朝監管方向努力。”
Anson預計，癌症產品可能會逐漸接近，甚至被機關機構批準，當然是指那些關注在臨床前工作中發現，對於治療，診斷和預後具有相關性的基因或者特定突變。
除了癌症，該公司還在研發美國憲法允許的產品，並且打算進入到無創產前檢測市場。
在年底之前，OGT計劃一個叫做CE-IVD的NIPT申請給歐洲監管局，並希望能夠2016年啟動該測試。目前，公司正在進行臨床檢測試驗，這項產品獎主要使用微陣列技術來篩查唐氏綜合症。
Anson說，公司決定基於陣列平台，而不是NGS的NIPT，這是因為其可以有一個更快的周轉時間和潛在的更低的成本。微陣列NIPT的周轉時間可以在三天內輕鬆完成。目前，NIPT公司提供的基於NGS的檢測，測試的周轉時間大概是7-10天。
與其他的產品相類似，OGT計劃將NIPT做成一個試劑盒，而不是檢測服務。
OGT也提供基於陣列的胚胎移植前的基因篩查檢測，Anson表示，在可預見的未來，該公司不會轉化成基於NGS的技術。
該公司還將關注基於陣列的用於憲法允許的疾病的研究，然而，Anson表示，基於NGS的產品卡可以補充OGT市場上的基於陣列的產品。當前，公司市場主要是醫學研究的外顯子陣列，這是由Emory遺傳學實驗室結合設計的。
這個陣列含有增強的4600個與醫療研究相關的基因，並且這些基因已經根據特異性症狀進行了分組。OGT設計其主要是用來與外顯子測序互補的，EGL對衝基金執行主任Madhuri Hegde表示，OGT的陣列和EGL獨有的醫療外顯子檢測聯合，可以有更好地針對缺失和增多的更好效果。
OGT也將關注一些列其他遺傳疾病的陣列研究，包括自閉症，杜氏肌萎縮症，癲癇，智力障礙，聽力喪失和代謝紊亂等。
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