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解決方案
- 轉錄水平RNA高通量研究為人們深入了解生物學過程中轉錄調控、信號轉導機製、疾病分子病理分型等提供了重要的研究方法。常用的高通量研究方法如基因芯片、RNA測序等，可產生大量信息，然而這些技術對樣品質量要求很高，同時費用昂貴。且其實驗結果往往需要做qPCR進行驗證。然而在對多基因進行定量研究時，傳統的qPCR方法由於實驗操作步驟多且繁複，通量明顯不足，無法滿足多重基因定量檢測的需求。此外，臨床樣品通常為FFPE樣本，在製備和儲存過程中會造成大量RNA降解、斷裂。因此，qPCR及RNA-seq都難以對這種樣本進行精確定量分析。針對以上問題,NanoString給出了完美的解決方案：基於雜交原理建立的NanoString數字化基因分析係統直接檢測條形碼探針標記的單個mRNA轉錄子，並通過數字計數進行定量。此過程無需酶促和擴增過程。僅需100 ng的RNA即可對逾八百個特異的mRNA轉錄子進行準確的定量。其檢測的敏感性和準確性與實時定量PCR(RT—PCR) 技術相當。
- NanoString技術可以不經過RNA提取，直接在FFPE樣本，細胞裂解液乃至全血中對RNA進行定量，進一步降低由於提取過程可能帶來的潛在偏差。近年來，NanoString技術被越來越廣泛地應用到生物醫學前沿領域，包括高通量基因表達結果驗證、基因表達譜研究、基因調控網絡研究、臨床疾病分子分型及診斷預後等領域。
NanoString技術特點
- 數字化-單分子數字式直接計數，可用於數字化分析或驗證第二代測序所確定的目標高精準度-無需逆轉錄、 PCR擴增，直接檢測RNA分子數量，得到基因表達情況高靈敏度- 飛摩爾(10-15)級別靈敏度，與qPCR匹敵多重檢測- 單管最多可同時檢測800種目標分子自動化程度高- 隻需要三個簡單手動操作步驟，最大程度避免人為因素的幹擾樣本兼容性高- 高效檢測FFPE包埋切片，直接檢測血液和細胞裂解液等，無需RNA提取純化應用廣泛- Gene Expression, miRNA Expression, miRGE, CNV, Gene Fusion, Single Cell Expression, Protein, RNA & Protein共檢測
nCounter SPRINT
nCounter Pro - 技術原理
- 操作流程
- 結果分析
nSolver™ Analysis Software
ROSALIND® Platform - 針對不同通路所生成的熱圖
細胞因子和趨化因子通路
JAK-STAT信號通路
NF-kappaB信號通路
Wnt信號通路 - 不同通路基因在火山圖中的表現
細胞因子和趨化因子通路
JAK-STAT信號通路
NF-kappaB信號通路
Wnt信號通路
